In [ ]:
AG.GraficaCosto()
Se tiene 20 trozos de ADN cada uno con 9 bases y 4 bases de solapamiento, utilizar algoritmo genético para ensamblar el genoma.
import ag_lbpt.util as util
#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
# INPUT
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# ArchicoADNcsv = 'adm_20t_9b_4s.csv' : Archivo de datos (matriz de distancias) en formato csv
# Iteraciones = 10 : cantidad de veces que se ejecuta el AG
# Generaciones = 100 : Cantidade de generaciones que itera el AG
# Poblacion = 250 : Cantidad de pobladores del AG
# ProbMutacion = 0.1 : Probabilidad de mutación
# TipoMutacion = 'Permuta' : El individuo mutante se consigue por permutación de atributos
# TipoCruce = 'Complemento' : la operación cruce es eligiendo M atributos de primer ancestro y el resto por complemento
# GenUnico = True : Los genes tiene valores únicos o distintos
# IniciFijo = False : El primer gen puede tomar cualuier valor
# IniciFinFijo = False : El primer y último gen pueden tomar cualquier valor
# N = 20 : Cantidad de ciudades
# PobElite = 3 : Indidivuos de la élite
#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
# OUTPUT
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# AG : Objeto algoritmo genético
# Solución : Cromosoma solución al problema
# Costo : Costo que implica dicha solución
#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
AG, Solucion, Costo = util.agTSPadn('adn_20t_9b_4s.csv', 10, 100, 250, 0.1, 'Permuta',
'Complemento', True, False, False, 20, 3)
print('Solucion: ', Solucion)
print('Costo: ', Costo)
Solucion: [19, 12, 15, 10, 16, 1, 7, 13, 11, 18, 0, 9, 8, 2, 4, 14, 6, 5, 3, 17] Costo: 34.0
AG.GraficaCosto()
# ArchivoTozosADN = 'adn_20t.csv' : Archivo de trozos de ADN (Nro, Trozo)
# Solapamiento = 4 : Cantidad de bases que se solapan
# TamañoTrozo = 9 : Tamaño de los trozos de ADN
# Solucion = Solucion : Solución de ensamblado
genoma = util.EnsamblajeGenoma('adn_20t.csv', 4, 9, Solucion)
ATATATATA
CGTCGTCGT
GTGTGTGTG
TGCATGCAT
ACACACACA
TACGTACGA
CATGCATGC
AGTCAGTCA
GTCGTCGTC
CGACGACGA
ACGTACGTA
CGTACGTAC
ATGCATGCA
GCTAGCTAG
CTAGCTAGC
TAGTAGTAG
GTACGTACG
TAGCTAGCT
AGCTAGCTA
CATCATCAT
ATATATATAGTCGTGTGTGTGCATACACATACGACATGCAGTCATCGTCGACGAACGTACGTACATGCAGCTAGCTAGCAGTAGGTACGTAGCTAGCTAATCAT
Luis Beltran Palma Ttito, luis.palma@unsaac.edu.pe (autor)
Dennis Iván Candia oviedo, dennis.candia@unsaac.edu.pe (coautor)
Carlos Ramón Quispe Onofre, carlos.quispe@unsaac.edu.pe(coautor)
Willian Zamalloa Paro, willian.zamalloa@unsaac.edu.pe(coautor)
José Mauro Pillco Quispe, jose.pillco@unsaac.edu.pe(coautor)